Hacia 1890, la economía regional manifestó los efectos de una crisis política y económica que, desde Buenos Aires, amenazaba la prosperidad de los primeros poblados bonaerenses. El desarrollo urbano y la actividad portuaria comenzaron, gradualmente, a correr el velo de optimismo que ocultaba las duras condiciones que atravesaba la vida política, social y económica en Necochea y Quequén.
Las disputas políticas en el interior de la administración municipal y la reducción de la operatoria comercial explicada por la aparición del ferrocarril determinaron el ocaso de la actividad portuaria vigente desde mediados del siglo XIX. Más allá de los conflictos que moldearon la política nacional y local, la crisis económica y el voluntarioso aporte de los primeros pobladores forzaron a las autoridades provinciales y nacionales a la elaboración de nuevos estudios que, entre sus conclusiones, determinaron la necesidad de contar con nuevas inversiones orientadas a mejorar la infraestructura portuaria del Quequén Grande.
El informe elaborado por el ingeniero Julio B. Figueroa, encargado por el gobierno de la Provincia de Buenos Aires, advirtió sobre las exigentes condiciones del medio donde se desarrollaba la actividad portuaria del Quequén Grande.
Aunque sus conclusiones estaban alejadas del optimismo sostenido por la dirigencia local -quienes veían en la desembocadura del río Quequén un gran puerto de ultramar-, el “Informe Figueroa” constituyó el primer antecedente técnico válido para la futura construcción de Puerto Quequén.
En opinión de Figueroa, la llegada del ferrocarril, ocurrida entre 1892 y 1894, resultó, claramente, contraproducente para los intereses económicos desarrollados alrededor de la actividad portuaria. La empresa inglesa no manifestó ningún interés en el desarrollo de un puerto en el cual no contaba con una estructura comercial orientada a la exportación de bienes primarios.
Para despejar cualquier duda, la empresa operó en el sentido de no permitir la instalación de proyectos ferroviarios y ferroportuarios alternativos al mismo tiempo que, por otra parte, evitó las responsabilidades adquiridas contractualmente. En ese sentido, el incumplimiento en las obras de conexión entre las estaciones de Miramar y Quequén y, por otra parte, Energía y Necochea transformó al sistema ferroviario del hinterland en la excusa perfecta para derivar la producción de aquellas zonas hacia el puerto de Bahía Blanca.