En el informe elaborado a lo largo del año 1895, el ingeniero Julio Figueroa señaló que: (…) el concepto de crear en Necochea un puerto comercial de importancia tendría el serio inconveniente de quedar muy próximo a los de rada Belgrano (Bahía Blanca) y Mar del Plata. Lo propio en el sentido comercial es facilitar el arreglo de un puerto de cabotaje.
Así existe actualmente un tráfico penoso de buques desde 50 toneladas de registro para arriba y lo demuestra la circunstancia de ser mayores los fletes que cobra la empresa del Ferrocarril del Sur desde Constitución a Balcarce, que desde Constitución a Necochea”.
Las conclusiones desarrolladas por Figueroa fueron compartidas por el ingeniero Huergo a principios del siglo XX cuando, a pedido de los empresarios Gardella y Díaz Vélez, se realizaron las primeras tareas de dragado y movimientos de dunas sobre la desembocadura del Ququén Grande. Sin embargo, el reconocimiento técnico sobre las particulares condiciones naturales de nuestras costas encendió las alarmas de productores y comerciantes locales cuyos intereses económicos dependían del futuro portuario de la región y la modernización de su infraestructura.
Entre otras dificultades, esta pequeña burguesía agro-portuaria reclamó por la reincorporación de Puerto Quequén al circuito de los puertos comerciales de nuestro país en el marco de la desleal competencia con el ferrocarril y las rápidas transformaciones ocurridas en el transporte marítimo. Mientras Quequén contaba con “(…) un tráfico penoso de buques desde 50 toneladas de registro para arriba (…)”, los puertos de Buenos Aires, Rosario, Bahía Blanca recibían a los primeros trasatlánticos de Ultramar que, con escala en Brasil, recorrían las rutas marítimas desde y hacia Europa.
Los nuevos y difíciles tiempos requerían del regreso de una de las principales figuras en la historia del desarrollo portuario local. Las arduas gestiones lideradas por Murga, a principios del siglo XX, alentaron la llegada de inversiones privadas dirigidas a dotar al río de la infraestructura requerida para el desarrollo comercial de la región. Lejos del optimismo de la década del ochenta, la ciudad había resultado gravemente golpeada por la crisis de los años noventa y las innovaciones en materia de navegación.
El incremento de las cantidades comercializadas desde los puertos argentinos y las transformaciones tecnológicas de la industria naviera explicaron la aparición de buques de mayor tonelaje y calado a lo largo de los mares del mundo. No sólo resultaba imprescindible mejorar la capacidad de acopio en el recinto portuario sino que además era necesario trabajar sobre otros aspectos como la profundidad de la desembocadura, la reorientación del canal de acceso y el diseño de nuevas obras de abrigo que protegieran a las embarcaciones durante las maniobras de ingreso y egreso al puerto.